Jean-Pierre Berlan réalise assez vite que l'orientation prise en matière de recherche dans le secteur agronomique n'était pas la bonne…
En 1987, sa thèse d'État remettait en cause le maïs dit « hybride » – « la vache sacrée de la recherche agronomique » – en développant cette idée : « Loin d'être l'innovation scientifique philanthropique que tout le monde célébre, elle crée une source de profit pour les semenciers aux dépens des agriculteurs. Ainsi la science et les scientifiques, loin de servir l'intérêt public, servent les intérêts du système.»
Il s'opposait ainsi à l'Institution scientifique qui lui valut une « mise au placard ».

Jean-Pierre Berlan se rapproche des associations "La Confédération paysanne" et "Attac", avec lesquelles il mène une réflexion historique sur l'agronomie et la biologie actuelles. Il en critique les fondements implicites : « le mécanicisme cartésien, l'acharnement à réduire l'animé à l'inanimé, la rationalité à l'échelle microscopique qui conduit à la déraison de l'ensemble, traduisent leur soumission écologiquement désastreuse aux intérêts industriels. »
Il s'oppose aux OGM et au brevet du vivant, et dénonce l'accapparement du vivant par un cartel de transnationales « agrotoxiques ».

Il intervient lors de conférences et est l'auteur de livres, d'articles, de « lettres ouvertes ».