Porte parole de la Confédération paysanne puis de Via Campesina, mouvement international de paysans qui milite pour le droit à la souveraineté alimentaire, José Bové dénonce le productivisme agricole et la globalisation économique responsables d'inégalités entre les pays du Nord et ceux du Sud. Inspiré par Henry David Thoreau, Gandhi et Jacques Ellul, il mène des actions non-violentes et de désobéissance civile. Ses prises de position contre les OGM et ses actions de fauchage d'OGM le rendront populaire mais lui vaudront des procès et des condamnations.

Son militantisme remonte aux années 70.
Proche des mouvements pacifistes et antimilitaristes, des mouvements chrétiens ouvriers, il refuse le service militaire et le statut d'objecteur de conscience et sera, de ce fait, poursuivit comme déserteur.
En 1973, il participe au rassemblement national contre l'extension du camp militaire du Larzac que l'État souhait étendre de 3 000 à 17 000 hectares. Mais dès 1971, un bras de fer s'engage entre l'État français et les paysans du Larzac : après dix années de lutte non violente, et grâce au mouvement social de solidarité avec les cent trois familles de paysans menacés d'expulsion, le projet est annulé en 1981, après l'accession de François Mitterrand à la présidence de la République.
Installés en 1976 sur le plateau du Larzac avec sa fille Marie et sa compagne, dans un hameau convoité par l'armée, ils redonnent vie au lieu, en récréant une activité paysanne (élevage de brebis).
José Bové poursuit son engagement au Centre cantonal des Jeunes agriculteurs, (CCJA), au Syndicat des Paysans-Travailleurs de l'Aveyron, et à la Confédération paysanne dont il sera membre du secrétariat national de1987 à 1991.
En 1999, il fera la une des journeaux avec le démontage du chantier de construction du Mac Donald de Millau. L'action organisée par le Syndicat des Producteurs de Lait de Brebis vise à protester contre la surtaxe de 100 % à l'importation du fromage Roquefort, appliquée par les États-Unis en réponse au refus de l'Europe de laisser entrer le bœuf aux hormones américain. Arrêté et jugé, il est condamné à trois mois de prison ferme.
Entre 1997 à 2008, ses actions de désobéissance civique aux côtés des militants de la Confédération Paysanne et des Faucheurs Volontaires, dans le but d'alerter l'opinion sur le « système OGM », le conduisent de nouveau en prison…
À peine sorti, il entame en janvier 2008 une grève de la faim avec neuf autres militants pour exiger l'interdiction de la seule variété OGM autorisée en France. Dix jours plus tard le gouvernement active le moratoire interdisant la culture d'OGM.
Candidat à l'élection présidentielle de 2007, José Bové rejoint le mouvement Europe Écologie pour les élections européennes de 2009. Tête de liste pour la circonscription Sud-Ouest en France, il est élu et poursuit son engagement au Parlement européen où il est également Vice-président de la commission « Agriculture et développement rural ». Son nouveau combat est celui contre l'exploitation des gaz et huile de schiste.